D’après les sources historiques, en 1385, sous le règne de Charles II de Navarre, il y avait déjà des corridas de taureaux, différentes de celles que l’on connaît actuellement mais qui impliquaient, comme aujourd’hui, le transfert des taureaux jusqu’aux arènes, pour y être « toreados » (corrida) ou pour « jouer » avec eux sans les mettre à mort.

À l’époque, les taureaux étaient conduits à pied à travers la campagne jusqu’à la ville et le dernier tronçon, dans les rues de Pampelune, était réalisé au petit matin – pour ne pas déranger les habitants – et à toute vitesse (les bergers excitant les animaux pour qu’ils se dépêchent de compléter le trajet). Si l’on considère donc que l’« encierro » remonte à ce lâcher des taureaux dans les rues pour les faire rejoindre les arènes, il s’agit d’une pratique qui remonte à au moins 600 ans et cet « encierro » devait vraisemblablement être accompagné d’un « desencierro », lorsque les animaux quittaient la ville pour retourner à la campagne après la corrida, puisqu’à l’époque les taureaux n’était pas mis à mort.

Ces premiers « encierros », appelés « entrada » (entrée), n’avaient guère à voir avec les « encierros » actuels. Un chevalier au galop annonçait l’arrivée des bêtes et il y avait toujours quelques jeunes qui couraient aux côtés du troupeau, sans respecter le règlement municipal, qui interdisait officiellement cette pratique, considérée comme une désobéissance à l’égard des autorités, mais qui était consentie de fait, comme un moindre mal.

Jusqu’en 1843, l’ « encierro » s’achevait à la Plaza del Castillo, aménagée provisoirement en arènes pour les Sanfermines. Et ce n’est qu’en 1856 que les taureaux courent pour la première fois dans la rue Estafeta. En 13 ans, l’« encierro » a connu quatre parcours différents, il a traversé deux portes médiévales différentes et il a débouché sur trois emplacements différents. Avec l’arrivée du chemin de fer, les animaux sont transportés en train et leur conduite à travers champs et dans les rues de la ville ne s’avère plus nécessaire.

Mais cette coutume, qui risquait ainsi de disparaître, enracinée et comptant sur le soutient populaire, réussit à s’imposer à la volonté des autorités de l’interdire à jamais. De telle sorte que la Mairie est obligée de promulguer, en 1867, le premier arrêté municipal régulant la course (horaire, parcours et normes internes), lui accordant ainsi pleine légalité.

La dernière modification du trajet de l’ « encierro » a lieu en 1922, à la suite de l’inauguration de l’actuelle Plaza de Toros (arènes), qui oblige le troupeau à tourner à gauche au bout de la rue Estafeta, au lieu de tourner à droite comme auparavant.