Il percorso dell’encierro di Pamplona, lungo 850 metri, scorre per le tortuose stradine medievali del centro storico della città. La complessa urbanistica di questa zona di Pamplona, frutto di secoli di diverse edificazioni, rende il tragitto della corsa cosparso di ripide salite, doppie curve ad angolo retto, scorre per strette ed ombrose viuzze, discese e, incluso, passa sotto una galleria situata sotto le gradinate dell'arena dei tori. In altre parole, sembra che il percorso dell’encierro sia stato disegnato per offrire varietà e spettacolarità ai differenti tratti della corsa, e, tuttavia, il tragitto attuale è quello che è, per il caso dell'ubicazione delle antiche mura e le porte medievali della città e l’ubicazione dell'arena.
Santo Domingo
Con i suoi 280 metri di lunghezza, in una salita fino al 10% di dislivello, ed incassato nella sua prima parte tra pareti verticali di pietra, è il primo tratto dell’encierro. I tori escono da un cortile situato in un antico bastione delle mura, ed è qui dove raggiungono la velocità più elevata di tutto il tragitto, perché Santo Domingo è in alto e gli animali sono riposati.
Plaza del Ayuntamiento-Mercaderes
Questo secondo tratto dell’encierro è piano, più luminoso della salita di Santo Domingo e misura 100 metri di lunghezza per 9 di larghezza media. La mandria dei tori e capestri, è ancora molto veloce qui, deve imboccare una leggera curva a sinistra all'inizio della calle Mercaderes.
Estafeta
La via più famosa dell’encierro, misura 300 metri, in ombra e con una leggera salita del 2%. L’inizio presso la calle Mercaderes è spettacolare, con una curva con un angolo di 90º verso destra, ciò provoca di solito, dovuto alla forza centrifuga, l’urto dei tori contro la recinzione esterna, cadendo per terra e la conseguente separazione.
Telefónica-callejón-plaza de toros
È l'ultimo tratto dell’encierro, il più luminoso e l’unico che presenta una leggera discesa. Qui i tori, stanchi e provati corrono di meno rispetto all’inizio del percorso, attraversano una zona priva di edificazioni e con recinzioni su entrambi i lati del percorso. Il tratto misura 120 metri di lunghezza ed una larghezza di 9 metri all'inizio della Telefónica, che man mano si stringe come un imbuto fino ai 3,5 metri del callejón(vicolo) che, scorre 25 metri al di sotto delle gradinate dell'arena, dà accesso agli ultimi 50 metri dell’interno dell’arena pamplonese.