El recorrido del encierro de Pamplona, que tiene una longitud de 850 metros, discurre por la tortuosa trama medieval del casco viejo de la ciudad. El complejo urbanismo de esta zona de Pamplona, fruto de siglos de distintas edificaciones, conlleva que el trayecto de la carrera ascienda empinadas cuestas, doble curvas en ángulo recto, discurra por estrechas y sombrías calles, baje pendientes e, incluso, se interne en un túnel por debajo de los tendidos de la plaza de toros. Es decir, parece que el recorrido del encierro ha sido diseñado para dar variedad y espectacularidad a los diferentes tramos de la carrera, y, sin embargo, el trayecto actual es el que es, por el azar de la ubicación de las antiguas murallas y las puertas medievales de la ciudad y la situación de la plaza de toros.

Santo Domingo
Con sus 280 metros de longitud, en una cuesta de hasta el 10% de desnivel, y encajonado en su primera parte entre paredes verticales de piedra, es el primer tramo del encierro. Los toros salen de un corral situado en un antiguo baluarte de la muralla, y es aquí donde más corren de todo el trayecto, pues Santo Domingo es cuesta arriba y los animales están descansados.
Plaza del Ayuntamiento-Mercaderes

Este segundo tramo del encierro es llano, más luminoso que la cuesta de Santo Domingo y tiene 100 metros de longitud por 9 de anchura media. La manada de toros y cabestros, todavía muy veloz aquí, debe tomar una ligera curva a la izquierda al comienzo de la calle Mercaderes.

Estafeta
La calle más famosa del encierro es larga -300 metros-, sombría y con una ligera cuesta arriba del 2%. Su comienzo junto a la calle Mercaderes es espectacular, con una curva en ángulo de 90º a la derecha, lo que suele provocar que los toros, debido a la fuerza centrífuga, golpeen el vallado exterior, caigan al suelo y se separen.
Telefónica-callejón-plaza de toros
Es el último tramo del encierro, el más luminoso y él único que presenta una suave pendiente hacia abajo. Aquí los toros, que están cansados y corren menos que al principio del recorrido, atraviesan una zona sin edificaciones y con vallados en ambos lados del trayecto. El tramo tiene 120 metros de longitud y una anchura 9 metros al comienzo de Telefónica, que se va cerrando como en un embudo hasta los 3’5 metros del callejón que, a lo largo de 25 metros por debajo los tendidos de la plaza de toros, da acceso a los últimos 50 metros del ruedo pamplonés.